1. Interreg IPA program prekogranične suradnje Hrvatska-Bosna i Hercegovina-Crna Gora 2014-2020
2. Program prekogranične suradnje BiH – Crna Gora
3. Program prekogranične suradnje Srbija – BiH
4. Jadransko-jonski  program transnacionalne suradnje 2014-2020 (Interreg ADRION)
5. Program transnacionalne suradnje Interreg Dunav 2014-2020
6. Program transnacionalne suradnje Interreg Mediteran 2014-2020 (Interreg MED)

Ovi programi se implementiraju uglavnom putem javnih poziva za podnošenje projektnih prijedloga koji se periodično objavljuju. Postoji i mogućnost financiranja posebnih, strateških projekata izvan javnih poziva, ukoliko se zemlje sudionice usuglase i ukoliko je takav projekt identificiran već u programskom dokumentu. Financiraju se isključivo neprofitne aktivnosti u programskom području, a prihvatljivi aplikanti su uglavnom neprofitna pravna lica, npr. javne institucije na svim nivoima, općine, javna poduzeća (ali ne ona koja imaju komercijalni i/ili industrijski karakter), obrazovne ustanove, instituti, turističke zajednice, NVO-i, udruženja građana, poslovna udruženja, privredne komore, agencije za razvoj MSP, itd. U okviru transnacionalnih programa primjenjuju se pravila ERDF regulativa koje dopuštajusudjelovanje i profitnih privatnih pravnih lica pod određenim uvjetima (osim za IPA zemlje u okviru MED programa).